Virus SARS-CoV-2 v odpadních vodách

Výzkumný ústav vodohospodářský T. G. Masaryka společně s Výzkumným ústavem veterinárního lékařství v Brně a s epidemiology z 1. lékařské fakulty Univerzity Karlovy zavedl systém monitoringu odpadních vod za účelem sledování epidemické situace nemoci covid-19 a predikce jejího vývoje. Monitoring je financován projektem VI04000017 „Využití monitoringu odpadních vod jako nástroje včasného varování před vznikem epidemiologické situace“ programu 4. VS BV III. institucionálními prostředky MŽP prostřednictvím interního grantu 3600.52.33/2020 VÚV TGM. Odběry provádí provozovatelé ČOV. Příslušná metodika byla nově schválena Ministerstvem zdravotnictví České republiky.

Co přesně sledujeme?

Principem systému je odběr nečištěných odpadních vod na vybraných, pro daný účel vhodných ČOV, izolace virové RNA a kvantitativní detekce množství genomových jednotek viru SARS-CoV-2. Virová RNA je do odpadních vod vylučována osobami infikovanými virem SARS-CoV-2 a tudíž její množství koreluje s jejich počty v oblastech napojených na sledované ČOV. Výsledky analýz ukazují dobrou využitelnost zvolené metody a tedy možnost získání cenných objektivních epidemiologických informací za nepoměrně nižší náklady než pomocí klinických testů.

Kde pozorování provádíme?

Výzkumný tým aktuálně provádí kontinuální monitoring na 4 ČOV v ČR a analyzuje a vyhodnocuje výsledky analýz více než 550 vzorků odebraných na 66 ČOV v celé ČR v průběhu všech vln epidemie a je připraven nabídnout spolupráci zdravotnickému sektoru pro úspěšné plnění Doporučení Evropské komise na zavedení systematického monitoringu SARS-CoV-2 v odpadních vodách ze dne 17. 3. 2021. Výzkumný ústav vodohospodářský T. G. Masaryka, v.v.i. zajišťuje samostatně nebo ve spolupráci s provozovateli ČOV odběry vzorků odpadních vod a společně s Výzkumným ústavem veterinárního lékařství, v.v.i. v Brně provádí ve 3 laboratořích izolaci a kvantitativní detekci RNA SARS-CoV-2 z odpadních vod.

Průběh epidemie koronaviru v komunálních odpadních vodách

Zjištěné výsledky potvrdily, že systém je schopen zachytit nástup nové vlny epidemie dříve než je prokázán klinickými testy. Probíhající pravidelný monitoring RNA viru SARS-CoV-2 v odpadních vodách ve 4 městech ČR (Praha, Brno, Kladno, Břeclav) na 5 ČOV (ÚČOV Praha – stávající a nová vodní linka, ČOV Brno, ČOV Vrapice/Kladno, ČOV Břeclav) je jedinečným nástrojem, který umožní zachytit aktuální stav výskytu koronaviru na území ČR a očekávaný nástup další epidemické vlny. Monitoring odpadních vod je tak fungujícím objektivním nástrojem pro sledování vývoje výskytu viru v populaci, při němž není nutné testování jedinců.

Monitoring RNA koronaviru SARS-CoV-2 v odpadních vodách, prováděný od dubna 2020, zachytil jednotlivé vlny epidemie covidu-19 v ČR a lze jej tak považovat za fungující marker výskytu covidu-19 v populaci.

Objektivní údaje, získané z monitoringu odpadních vod ukazují, že téměř úplnou eliminaci viru v létě 2021 následoval sled vln zvýšeného výskytu GE (genomových jednotek) viru SARS-CoV-2 v odpadních vodách, korelujících s počty pozitivně testovaných osob covidu-19, detekovaných PCR testy.

Poměr virové zátěže odpadních vod k počtům pozitivně testovaných se na začátku léta 2022 změnil, tj. virus byl v populaci přítomen, ale nezpůsoboval významné ovlivnění zdravotního stavu populace.

Z dosavadního průběhu lze předpokládat, že v populaci ČR bude následovat střídání vln zvýšeného výskytu viru v populaci bez významného vlivu na veřejné zdraví a jejich postupná stabilizace na úrovni výskytu běžných infekčních nemocí s pravděpodobností nástupu epidemie pouze v případě nové varianty viru.

Dvouletý monitoring odpadních vod ukázal adaptaci populace ČR na přítomnost viru SARS-CoV-2.

A co ukazují čerstvé výsledky (aktualizace k 16. 1. 2023)?

Množství RNA SARS-CoV-2 v odpadních vodách v prosinci oscilovalo na hladině desítek až stovek GE/1ml na menších ČOV (Břeclav, Kladno) a stovek na ČOV velkých měst (Praha, Brno), tedy na nižší úrovni než v podzimních měsících. Reálný výskyt viru v populaci odpovídal, v porovnání s předchozími vlnami epidemie, řádově vyšším počtům nakažených než ukazovaly klinické testy.

Kontrolní vzorky, odebrané 10. 1. 2023 na ČOV Brno a Břeclav ukázaly výrazný pokles množství markeru covid-19 v odpadních vodách. Poklesl rovněž počet pozitivně testovaných osob. Odpadní vody potvrzují, že aktuální epidemie respiračních nemocí není způsobena covidem-19.

Monitoring v ČR byl ukončen se skončením projektu COVMON 2021–2022 a interního grantu VÚV pro rok 2022 na konci prosince 2022. Aktuální údaje o objektivním výskytu covidu-19, vycházející z množství jeho specifického markeru v odpadních vodách lze získat již pouze z údajů z jiných evropských zemí, v nichž monitoring odpadních vod pokračuje. Odkazy naleznete zde.

Výsledky monitoringu odpadních vod v uvedených grafech jsou porovnávány s verifikovanými počty pozitivně testovaných osob, ze systému ISIN, průběžně zpracovávaných Oddělením biostatistiky SZÚ pro konkrétní sledované lokality. Data o týdenních počtech pozitivně testovaných jedinců v ČR jsou získávány z veřejně přístupného webu European Centre for Disease Prevention and Control. Pro možnost porovnání aktuálních výsledků monitoringu odpadních vod (cca za poslední 1–2 měsíce) jsou využívány volně dostupné údaje z covidových map nebo veřejně přístupných webů pro jednotlivá města na platformě https://obce.nery.cz/. Veřejná data mohou být zatížena chybou a neobsahují počty obyvatel v připojených obcích.

Výkyvy záchytu hledané RNA v odpadní vodě mohou být způsobeny:

  • odlišným množstvím odpadní vody = různé naředění přítomného množství fragmentů virové RNA,
  • odběrem v jiném týdenním režimu (víkend),
  • nehomogenitou odebraného vzorku (odpadní voda obsahuje množství dalších látek a částic, odběr je prováděn po mechanickém odstranění hrubých nečistot),
  • nestálým poměrem průmyslových a komunálních odpadních vod.

Více se o problematice koronaviru v povrchových a odpadních vodách a možnostech využití výsledků jako diagnostického média dozvíte v odborných článcích časopisu VTEI zde a zde. O tématu podrobně pojednává i reportáž pro Českou televizi (v čase 1:59:44) od Kateřiny Sovové a článek pro MF Dnes od Hany Zvěřinové Mlejnkové.

Další podrobnosti o běžícím projektu se dozvíte zde.