Mikroplasty se do vodního prostředí se dostávají převážně prostřednictvím komunálních a průmyslových odpadních vod a mohou negativně ovlivňovat růst, reprodukční schopnosti i přežívání vodních organismů. Ačkoli dosud nebyl prokázán jejich přímý dopad na celé ekosystémy, lze předpokládat, že dlouhodobé působení zvýšených koncentrací mikroplastů se projeví kumulativně a nepříznivě ovlivní ekologický stav vod.
Problematice výskytu mikroplastů ve vodním prostředí se brněnské pracoviště věnuje od roku 2023. Jako součást laboratoří byly zřízeny a plně vybaveny laboratoře na předúpravu vzorků a vlastní analýzu mikroplastů.
Předúprava vzorků spočívá v jejich čištění pomocí postupného využití enzymatické řady a zařízení k hustotní separaci mikroplastů. Vlastní stanovení obsahu mikroplastů ve vzorku (kvantifikace a identifikace polymerů) je prováděno pomocí chemického imagingu na plně automatizovaném FTIR mikroskopu s plošným (FPA) detektorem LUMOS II od společnosti Bruker.Problematice mikroplastů je věnována pozornost např. v rámci projektu MicroDrink.